学院前身是成立于2001年的南京大学管理科学与工程研究院，2003年撤研究院成立工程管理学院。目前，学院拥有管理科学与工程一级学科博士学位授予点和博士后流动站及控制科学与智能工程二级学科博士点（学校自设），管理科学与工程学科也是江苏省重点学科，其中“计算管理科学与商务智能”交叉学科方向入选江苏省优势学科序列。学院还拥有工程管理、金融硕士和控制工程三个专业硕士学位授予点，同时设置有工业工程、金融工程、自动化三个本科专业，形成了本科生、硕士、博士研究生完整的人才培养体系。自成立以来，学院吸引了一批海内外优秀学者，形成了一支年富力强、积极进取、团结奋进的教师队伍。学院现有专任教师50余人，平均年龄在40岁以下，大多数教师在国内外著名高校获得博士学位且拥有海外留学、进修和访问经历，学院教师学缘结构多样，学风严谨包容。
学院基于学科交叉优势，始终将人才培养作为立院之本，提出“管理—控制一体化”学科融合发展的新思路，并将其融入到人才培养的知识体系中。学院致力于培养国际视野广阔、基础理论扎实、知识领域宽广、工程实践能力强，具有创新精神的复合型高级工程技术和管理人才。学院办学特别注重国际化合作与交流，与牛津大学、普渡大学、滑铁卢大学、新加坡国立大学、科廷大学、鲁尔-波鸿大学、法兰克福金融管理学院等院校签署了人才联合培养协议。近年来，学院本科生、研究生连续在学科顶级期刊上发表论文；学生多人次获得美国（国际）大学生数学建模竞赛（MCM/ICM）大奖，其中特等奖3项、一等奖9项，获奖总数居全校第一；连续7年获得“中国教育机器人大赛”特等奖；毕业生创业项目获首届中国“互联网+大学生创新创业大赛”金奖。学院现有在校本科生、硕士、博士研究生1200余人。本科生海内外升学率接近80%，研究生就业率连续多年100%，主要就职于互联网行业、智能制造业、金融业、国际贸易、物流供应链和高新科技企业等。
学院注重精研学术和科技创新，在工程技术、经济金融和工程管理领域取得了许多重要成果。学院先后承担国家自然科学基金重大项目、国家杰出青年科学基金项目、国家社会科学基金重大项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目、青年项目等100余项，以及横向科研项目300余项，科研经费总额超亿元。2014-2018年间，学院教师在国内外核心刊物发表论文近700篇，其中ESI高被引论文6篇，SCI、SSCI、EI、CSSCI收录550余篇，包括Management Science，Operations Research, Production and Operation Management, Mathematical programming, Transportation research-B，Journal of Financial Economics ，MIS Quarterly ，IEEE Transactions on Automatic Control，IEEE Transactions on Cybernectics ， IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernectics：Systems，IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems；以及《管理科学学报》，《管理世界》，《经济研究》，《自动化学报》等国内外一流学术期刊；同时，学院还获得各类奖项20余项，其中包括教育部科学技术进步一等奖1项，教育部高等学校科学研究优秀成果奖自然科学二等奖和人文社会科学二等奖各1项，工信部国防科技进步一等奖和中国兵器工业科技进步一等奖各1项，江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖3项，中国物流与采购联合会科学技术进步奖一等奖2项等。国家杰出青年科学基金获得者肖条军教授连续5年入选Elsevier发布的中国高被引学者榜单（决策科学）。
　　学院着力服务于国家和地方经济社会建设的重大需求，为各行各业输送了大量的高端人才，并积极推进科技成果向现实生产力转化。学院先后承担了一系列国家重大基础设施工程建设管理咨询与研究工作，包括囊括了四个世界第一的苏通大桥，跨境投资逾千亿级的港珠澳大桥，以及无锡地铁、广乐高速、灌河大桥等工程；在投融资与金融服务领域，学院长期与中国证监会、上海证券交易所、中国金融期货交易所等机构联合开展中国资本市场研究和政策咨询；此外，学院还承担了多个重大国防项目，为国家国防事业的发展做出了积极贡献。
　　学院设有多个国家级、省级和校级研究基地和中心，为学科建设、人才培养提供了良好的支撑条件和环境。目前，学院拥有国家级社会经济环境系统虚拟仿真教学实验中心，设有江苏省物流技术工程中心、江苏省重点物流研究基地、江苏省科技金融思想库、江苏省管理-控制一体化实验教学示范中心，以及南京大学社会科学与大数据计算实验中心和南京大学-牛津大学金融创新研究院等。同时，学院高度重视开放型、国际化的高端学术平台建设，汇聚海内外学者大师、高水平研究团队、业界专家，共同致力于知识创新，服务经济社会发展需求。
　　工程管理学院全体师生诚邀海内外优秀人才，同襄共举，共谋发展。

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