中医基础理论学科1981年获批为硕士学位授权学科，是我校首批硕士学位授予点之一，1999年成为北京中医药大学博士研究生联合培养点。2008年被评为安徽省重点学科，2009年被评为国家中医药管理局重点学科，为安徽省重中之重学科、博士学位授权建设学科中医学一级学科的主干二级学科，安徽省首批博士后岗位学科，学科建设经费达700余万元。学科为省部共建新安医学教育部重点实验室及新安医学省级高校科技创新团队主干，拥有国家中医药科研三级实验室――细胞与分子生物学（脑病）实验室。2008年学科所在的中医学专业成为第一批国家教育部特色专业，中医基础理论被遴选为省级精品课程，2009年中医基础理论学科教学团队被遴选为国家级教学团队，2010年中医基础理论被遴选为国家级精品课程。
学科先后承担省教学研究项目5项，主编、副主编与参编国家级规划教材及学术专著30余部，为国家级规划教材《中医基础理论》、《内经选读》主编与副主编单位，国家级研究生规划教材《中医基础理论专论》副主编单位，获全国中医药优秀教材二等奖和优秀图书一等奖各1项、华东地区优秀科技图书一等奖1项，国家优秀教学成果二等奖1项，在省级以上学术刊物上发表论文200余篇。承担国家“973”计划项目、国家自然科学基金项目等国家及省部级科研项目18项，科研经费200余万元，获安徽省科学技术二等奖、中华中医药学会科学技术奖等3项，获国家三类新药批号1项、发明专利1项、科研成果转让1项，直接经济效益120万元。
学科在探索中医基础理论认识规律的过程中，注重方法学的改进，注重培养复合型的高级中医药人才。在继承名老中医传统经验的基础上，运用现代实验技术与方法研究中医理论，主要围绕中医治则治法理论及其应用、中医藏象理论与实质、中医病因病机学说、中医体质学说、内经研究等方向开展一系列研究。首创多因素复合制作气虚血瘀证局灶性脑缺血再灌注大鼠模型，首次系统提出缺血性中风“气虚血瘀”病机学说，提出“肾精-脑髓”相关理论，采用中医治法、病证和方药的不同角度互补研究，不同治法比较研究，首次开展了益气活血法、补肾生髓法对脑缺血神经细胞凋亡信号转导通路影响较为系统的研究，对脑缺血后内源性神经干细胞和体外培养胚胎神经干细胞缺氧诱导模型增殖分化及其信号转导途径与调控影响的研究，查新表明相关研究内容与研究方法在国内处于领先水平，对该领域研究具有重要的借鉴价值。提出清热解毒、益气养阴是防治病毒性心肌炎的有效治法，鉴于化湿法在中医临床中特色地位，开展化湿法研究。在中医藏象理论与实质研究中，着重对中医藏象学说进行深入探索挖掘，并注意运用现代科学的方法来揭示藏象本质、内在规律及将其指导临床应用，同时注意挖掘新安医家对藏象学说的阐发和创新。运用文献学、临床流行病学及分子生物学方法对中医体质理论及其形成机制进行研究。学科重视从中医基础理论的发展源流中探讨理论实质，同时注重中医传统文化发掘与研究，使中医学理论有一个坚实人文基础，以利于引导其正确发展。

学位点已培养硕士研究生40余人，联合培养博士研究生5人。学科拥有省学术与技术带头人后备人选1名、省高等学校中青年骨干教师2人、省级教坛新秀1人、安徽中医学院中青年骨干教师1人，两人破格晋升教授。目前学科拥有教授5人、副教授7人、高级实验师1人、讲师5人，其中博士4人，硕士5人，博士研究生导师1人，硕士研究生导师7人，已经形成了年龄、职称、学历、学缘结构较为合理的教学与科研梯队。
主要研究方向：1.中医治则治法理论与应用基础研究；2.中医病因病机学说研究；3.中医藏象理论与实质研究；4.《内经》养生学说研究；5.新安医学学术经验研究；6.中医体质的理论及实验研究。