2002年3月，经重庆市教委批准，成立了重庆医科大学生物医学工程系（2011年5月更名为重庆医科大学生物医学工程学院）。现实行学院、超声医学工程研究所、省部共建国家重点实验室等一体化管理。
重庆医科大学于1990年7月获生物医学工程硕士学位授予权，2003年8月获生物医学工程博士学位授予权（一级学科，自主设置了6个二级学科）。学院现有五年制生物医学工程专业（医疗器械方向）本科专业，依托产学研用平台，学院重视学生创新能力和综合素质培养，学生毕业后在医工结合的交叉领域从事医疗设备的使用、维护和管理工作。现已经形成了生物医学工程本科—硕士—博士—博士后完整的人才培养体系。
30余年来，学院潜心于“高强度聚焦超声(HIFU)技术”的工程理论与临床研究，解决了阻碍HIFU治疗技术发展的难题，即HIFU在组织内聚焦规律及剂量学等，首次提出“生物学焦域”概念等理论。通过对HIFU治疗系统的优化、生物学效应研究、治疗剂量研究、组织声环境以及改变组织声环境研究等，初步建立了超声治疗的基础理论体系。初步建成了超声治疗领域学术、技术交流的平台。经过多年的发展，形成稳定的科研方向，包括强声学与生物学效应、多模态影像监控与智能精准治疗、超声治疗临床研究与大数据等。
近年来，学院先后承担了100余项国家和地方科研项目，包括国家重大仪器设备专项、国家973计划项目、国家十一五和十二五科技支撑计划项目、国家自然科学基金委重点项目、杰出青年基金项目及多个面上项目、教育部创新团队发展计划项目等国家级项目，已获准经费1亿余元。在国内外刊物上公开发表学术论文1000余篇，其中SCI论文100篇，主编了《治疗超声原理与应用》、《实用超声治疗学》、《临床超声治疗学》等专著，参编了第四、第五版《超声医学》HIFU篇章、《现代介入性超声诊断与治疗》、《微无创医学丛书——子宫肌瘤》。已获2010年国家科技进步二等奖、2000年国家技术发明二等奖、“九五”国家重点科技攻关重大科技成果等、2000年重庆市科技进步一等奖、2005年重庆市技术发明一等奖、2009年重庆市科技进步一等奖等。2001年5月，“首届HIFU在医学中的应用国际研讨会”在中国重庆召开；2009年10月“首届超声无创治疗国际高峰论坛”在中国重庆召开；2013-2019年，在中国重庆先后召开了第1-4届“微无创医学长江高峰论坛”，这标志着中国重庆在HIFU领域的基础和临床应用研究已走在了世界前列。
迄今为止，学院研制的具有我国自主知识产权的“海扶超声聚焦刀”等系列超声治疗设备已在全国2000余家医院投入使用，并远渡重洋落户德国、英国、日本、韩国、新加坡等26个国家，成功治疗了各类患者200万余例。
目前，学院云集了一批多学科交叉、医工结合的科研队伍，拥有国家重大仪器专项首席科学家1人，973计划首席科学家1人，人事部百千万人才人选2人，杰出青年基金获得者1人，全国杰出专业技术人才1人、教育部跨世纪（新世纪）人才支持计划获得者2人，国际超声治疗学会常务理事1人，中国生物医学工程学会副理事长1人等高层次人才。现有博士生导师6名，硕士生导师12名，本科生专业教师30余名，专业涉及生物医学工程、肿瘤学、超声治疗学、电子学、计算机学、材料学、机械学等。已培养硕士研究生500余名、博士研究生50名、博士后30名，在校本科生200余名、硕士研究生100名、博士研究生20名、博士后15名。
今天，微无创医学领域方兴未艾，学院作为超声治疗核心技术的领跑者和推动者，将以超声治疗技术为代表的微无创医学事业发展做出更大的贡献！