预防兽医学，为国家重点学科、博士学位和硕士学位授予点，由我国现代兽医教育的奠基人之一罗清生教授创建。国际动物卫生组织猪链球菌病参考实验室、农业部动物细菌学重点实验室、江苏省动物免疫工程实验室挂靠在本学科。本学科由兽医微生物学与免疫学、家畜传染病学和动物寄生虫学三个学科组组成。长期以来，本学科立足学科发展前沿和我国畜牧兽医事业发展的现实需求，凝练学科方向，拓展研究内容，形成了分子病毒与免疫学、病原与宿主相互作用、动物传染病发病机制和免疫、兽医微生物致病机理及免疫、兽医寄生虫分子免疫学、兽医公共卫生等六个特色鲜明的研究生培养方向。围绕这些方向，在畜禽传染病的病毒、细菌、感染性免疫等领域取得了系列基础研究成果。成功研制出猪链球菌疫苗、猪繁殖与呼吸综合症弱毒疫苗、猪圆环病毒灭活疫苗等防控产品，为动物疫病防控、兽医临床诊疗和畜禽健康生产做出了贡献。
现有固定教职工44人，其中教授19名，副教授和高级实验师12名、讲师和实验师8名。全国农业科研杰出人才和创新团队2个，江苏省特聘教授1名，江苏省“333”工程学术人才（第二层次）1名，国家基金优青项目1名，教育部新世纪优秀学术人才4名，南京农业大学钟山学术新秀3名。承担《兽医微生物学》、《兽医免疫学》、《兽医传染病学》、《兽医寄生虫病学》、《兽医生物制品学》、《动物性食品卫生学》、《兽医流行病学》、《畜牧微生物学》、《水产微生物学》、《动物保护学》等本科生课程及《现代动物免疫学》、《基因工程原理与方法》和《现代疫苗学》等研究生课程，设有1个预防兽医学本科生教学实验中心，15个本科生实习基地。现有猪链球菌病OIE参考实验室，农业部动物细菌学重点实验室（原名：动物疫病诊断与免疫重点开放实验室），3个校级研究室（动物疫苗创制中心、鱼病渔药研究室、兽医寄生虫病研究室）。近五年承担国家和部省级课题80多项，科研经费累计8500余万元，发表研究论文530余篇，其中SCI论文250余篇，获发明专利8项，国家新兽药注册证书1个，获部省级科技成果奖4项。2005年“猪链球菌病防控技术”获国家科技进步二等奖。与德国、美国和加拿大等国际合作交流合作密切。主编《兽医传染病学》（第六版）、《兽医微生物学》（第五版）、《动物保护学概论》和《兽医生物制品学》（第三版）等全国统编教材4部，出版专著10部。