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学校学位与研究生教育始于1941年，是国务院学位委员会批准的国家首批有硕士学位授予权、第二批有博士学位授予权的研究生培养单位。学校现有7个国家级重点学科，2个国家重点培育学科，25个省部级重点学科，16个博士学位授权点一级学科，28个硕士学位授权点一级学科，覆盖了农学、理学、工学、经济学、管理学、法学、教育学、历史学、文学、哲学、医学、艺术等12个学科门类。此外，还有工程硕士、农业硕士、兽医硕士等12个硕士专业学位授权点，初步形成了多渠道、多规格、多层次的研究生培养模式。学校现有两院院士3人，双聘院士10人，长江学者奖励计划特聘教授4人、讲座教授3人，国家“QR”入选者8人，国家杰出青年基金获得者5人，国家百千万人才工程入选者12人，教育部跨世纪优秀人才2人，新世纪优秀人才支持计划入选者71人。有2个国家重点实验室，1个国家工程实验室，3个国家工程技术研究中心，3个国家野外科学观测研究站，55个省部重点实验室及工程技术研究中心。博士生导师424人，硕士生导师1081人。77年来，培养研究生29292人，毕业生遍布海内外。获全国优秀博士学位论文6篇，全国优秀博士学位论文提名奖7项，陕西省优秀博士学位论文87篇。现有各类在校研究生9120人，其中博士生1953人。

2003年8月教育部批准我校试办研究生院，经过几年的建设和发展，2007年6月教育部正式批准我校建立研究生院。校长兼任研究生院院长。研究生院现设有院办公室、研究生招生处、研究生培养处、学位管理处、质量评估与监督处、研究生教育管理处等六个副处级单位，承担着全校研究生招生、培养、学位授予、质量监督与日常教育管理。同时，学校设立党委研究生工作部，全面负责研究生思想政治教育工作。

在建设产学研紧密结合、世界一流农业大学战略目标过程中，学校始终以加强学科建设为龙头，以提高研究生培养质量为根本，以培养创新性高素质人才为目标，深入推进招生选拔机制、导师责权机制、投入与资助机制、分流与淘汰机制、培养模式、质量保障体系、研究生教育国际化等创新性改革。

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